Johannes Paul II. wurde in der Vatikanstadt beerdigt. Seine Grabstätte befindet sich in der Peterskirche, genauer gesagt in der Gruft unter dem Petersdom.
Johannes Paul II. wurde unter Ausschluss der Öffentlichkeit in der Papstgruft des Petersdoms an der Stelle beigesetzt, die bis zu dessen Umbettung 2001 Grabstätte Johannes XXIII. gewesen war. Vor und nach dem Tod Johannes Pauls II. hatte es Gerüchte gegeben, der Papst wolle in seiner polnischen Heimat beigesetzt werden. Auch über die Überführung seines Herzens nach Polen wurde spekuliert. Die Entscheidung über die Bestattungsumstände überließ er in seinem Testament jedoch dem Kardinalskollegium, das sich für die Beisetzung in Rom entschied.